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2003年的時候Tokyo Movie Shinsha制作出了這部有史以來最長的索尼克動畫系列，一共分為三季78集，由TMS Entertainment發行。這部動畫是唯一采用改變人物角色設計後的索尼克系列動畫，同時也是出場人物最多的一部。故事的情節除第三季為原創外大多改編自相關的游戲《索尼克大冒險》的劇情。
　(人物名翻譯以台灣地區翻譯為准)
第一季（01-26）　　根據傳說，能收集到七顆卡歐斯寶石(Chaos Emerald)就能獲得強大的力量，邪惡天才科學家蛋頭博士(Dr. Eggman)企圖利用這股力量統治世界，但超音速刺猬索尼克(Sonic the Hedgehog，綽號"音速小子")卻總是破壞他的計劃。在一次的對決中，音速小子把蛋頭博士的機器弄壞了，而蛋頭博士在混亂之下，不小心按到機器的開關，使得故障的機器啟動了渾沌制御(Chaos Control)，造成時空扭曲，把音速小子與他的伙伴們送往另一個世界。在這個世界，音速小子認識了一名叫克裡斯的少年，與之成為莫逆之交，也在克裡斯的幫助下，找回失散的同伴，但蛋頭博士仍無放棄征服世界的野心，再度與音速小子展開死斗。
第二季﹝27-52﹞　　接續第一季，音速小子把兩個世界融合之後的事，部份集數取自著名電子游戲索尼克大冒險(Sonic Adventure)、索尼克大冒險2(Sonic Adventure 2)與索尼克大亂斗(Sonic Battle)。因為兩個世界融合的關系，導致時間出現異常現象，為了回復原有的狀態，必須把兩個世界再度分離，但克裡斯並不想這麼做，與音速小子展開了一趟心之旅，他終究是放手了。
第三季（53-78）　　塔爾斯、艾米和芮比在觀賞流星雨時，意外認識了從外星來的波斯菊(Cosmo the Seedrian)，同時梅達列克斯(Metarex)也開始攻擊他們居住的星球，並奪走行星之卵(Planet Egg)。正當大家被梅達列克斯搞的烏煙瘴氣時，克裡斯竟然出現在渾沌之母(Mater Emerald)前，原來他藉由撷取渾沌之母發出的能量波動來到這個世界，但因為途中出了差錯，他的外表從十八歲變成十二歲，但記憶並沒有流失。經過波斯菊解釋後，行星之卵被奪走的星球最後都會毀滅，於是，音速小子他們展開了宇宙之旅。